Extract assays from an scMethrix object
get_matrix( scm = NULL, assay = "score", add_loci = FALSE, in_granges = FALSE, order_by_sd = FALSE, n_chunks = 1, by = c("row", "column") )
| scm |
|
|---|---|
| assay | string; name of an existing assay. Default = "score" |
| add_loci | Default FALSE. If TRUE adds CpG position info to the matrix and returns as a data.table |
| in_granges | Do you want the outcome in |
| order_by_sd | Order output matrix by standard deviation |
| n_chunks | integer; Number of chunks to split the |
| by | string; split the matrix by "row" or "col" if n_chunks != 1 |
HDF5Matrix or matrix
Takes scMethrix object and returns the methylation matrix. This will return in the format used by the object (matrix or HDF5matrix).
#> C1 C2 C3 C4 #> [1,] 1.0 1.0 1.0 NA #> [2,] NA 1.0 NA 1.0 #> [3,] NA NA 1.0 NA #> [4,] NA 1.0 1.0 1.0 #> [5,] 0.0 NA 0.0 0.0 #> [6,] 1.0 NA NA NA #> [7,] NA 1.0 1.0 NA #> [8,] 1.0 NA 1.0 0.0 #> [9,] NA 1.0 NA NA #> [10,] 1.0 1.0 NA NA #> [11,] NA 1.0 NA NA #> [12,] NA 1.0 NA NA #> [13,] 0.0 1.0 0.0 NA #> [14,] 1.0 NA NA NA #> [15,] NA 1.0 1.0 0.0 #> [16,] 1.0 0.0 1.0 1.0 #> [17,] 1.0 1.0 1.0 NA #> [18,] NA 0.0 1.0 1.0 #> [19,] 1.0 1.0 1.0 NA #> [20,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [21,] 1.0 1.0 NA 1.0 #> [22,] NA NA 1.0 1.0 #> [23,] NA NA NA 1.0 #> [24,] 1.0 1.0 1.0 0.0 #> [25,] 1.0 NA 1.0 1.0 #> [26,] 1.0 NA 1.0 1.0 #> [27,] 1.0 NA 1.0 1.0 #> [28,] 1.0 1.0 1.0 NA #> [29,] 0.0 NA 0.0 0.0 #> [30,] 1.0 1.0 1.0 NA #> [31,] NA 0.0 1.0 NA #> [32,] NA NA 1.0 NA #> [33,] 1.0 1.0 1.0 NA #> [34,] 0.0 0.0 0.0 0.0 #> [35,] 1.0 NA 1.0 NA #> [36,] 1.0 1.0 NA 0.0 #> [37,] NA NA 0.0 NA #> [38,] 1.0 NA 0.0 1.0 #> [39,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [40,] 0.0 NA 0.0 0.0 #> [41,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [42,] NA NA 1.0 1.0 #> [43,] 1.0 1.0 0.0 0.0 #> [44,] 1.0 NA 1.0 NA #> [45,] 0.0 NA NA NA #> [46,] NA NA 1.0 NA #> [47,] 0.0 NA NA NA #> [48,] 1.0 NA 1.0 1.0 #> [49,] 0.0 0.0 0.5 0.0 #> [50,] 1.0 NA NA 1.0 #> [51,] NA 1.0 NA 1.0 #> [52,] NA 1.0 0.0 0.5 #> [53,] 0.0 0.0 0.0 1.0 #> [54,] 1.0 0.0 1.0 1.0 #> [55,] NA NA 1.0 NA #> [56,] 1.0 1.0 0.0 1.0 #> [57,] 1.0 0.0 1.0 1.0 #> [58,] NA NA 1.0 0.0 #> [59,] 0.0 0.0 0.0 0.0 #> [60,] 1.0 NA 1.0 1.0 #> [61,] NA NA 1.0 NA #> [62,] 1.0 NA NA NA #> [63,] 0.0 NA NA 1.0 #> [64,] 0.0 NA 0.0 NA #> [65,] 1.0 NA NA NA #> [66,] 1.0 NA 1.0 1.0 #> [67,] NA 1.0 1.0 NA #> [68,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [69,] NA NA 1.0 1.0 #> [70,] NA 1.0 NA 1.0 #> [71,] NA NA 1.0 1.0 #> [72,] 1.0 NA NA NA #> [73,] 0.0 NA NA 1.0 #> [74,] 1.0 1.0 NA 1.0 #> [75,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [76,] NA NA 1.0 NA #> [77,] 0.0 NA NA NA #> [78,] NA NA 0.0 NA #> [79,] 1.0 1.0 NA NA #> [80,] NA 0.0 0.0 0.0 #> [81,] NA NA NA 1.0 #> [82,] NA NA 1.0 NA #> [83,] NA 1.0 NA NA #> [84,] 0.0 0.0 0.0 0.0 #> [85,] NA 0.0 0.0 0.0 #> [86,] 1.0 NA 1.0 1.0 #> [87,] 1.0 1.0 NA 1.0 #> [88,] 0.0 1.0 1.0 0.0 #> [89,] 1.0 NA NA 1.0 #> [90,] 1.0 0.0 1.0 1.0 #> [91,] NA 1.0 NA 1.0 #> [92,] 1.0 NA 1.0 NA #> [93,] 1.0 1.0 NA 1.0 #> [94,] 0.0 NA 0.0 NA #> [95,] NA NA NA 0.0 #> [96,] NA 1.0 1.0 1.0 #> [97,] 1.0 NA 1.0 1.0 #> [98,] NA NA 1.0 1.0 #> [99,] 1.0 NA 1.0 1.0 #> [100,] NA 1.0 1.0 NA #> [101,] 1.0 NA 1.0 0.5 #> [102,] 1.0 NA 1.0 1.0 #> [103,] 1.0 NA NA 1.0 #> [104,] 0.0 0.0 0.0 0.0 #> [105,] 0.0 0.0 0.0 NA #> [106,] 1.0 NA 1.0 1.0 #> [107,] NA NA 1.0 0.0 #> [108,] 0.0 NA 0.0 0.0 #> [109,] 1.0 0.0 1.0 1.0 #> [110,] NA NA NA 1.0 #> [111,] NA NA NA 0.0 #> [112,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [113,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [114,] 1.0 1.0 NA 0.0 #> [115,] 1.0 NA NA NA #> [116,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [117,] NA 1.0 1.0 1.0 #> [118,] 0.0 1.0 1.0 1.0 #> [119,] 0.0 0.0 NA NA #> [120,] 0.0 0.0 0.0 NA #> [121,] NA NA 1.0 NA #> [122,] 0.0 1.0 1.0 1.0 #> [123,] NA 1.0 1.0 1.0 #> [124,] 1.0 NA NA 1.0 #> [125,] NA NA 1.0 1.0 #> [126,] 0.0 1.0 0.0 1.0 #> [127,] 0.0 0.0 NA NA #> [128,] 0.0 0.0 0.0 1.0 #> [129,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [130,] 1.0 1.0 NA 1.0 #> [131,] NA 1.0 0.0 1.0 #> [132,] NA 1.0 1.0 1.0 #> [133,] 1.0 1.0 NA 1.0 #> [134,] NA NA 1.0 1.0 #> [135,] 0.0 0.0 NA NA #> [136,] 1.0 NA 1.0 1.0 #> [137,] 1.0 NA 1.0 NA #> [138,] NA 1.0 0.0 NA #> [139,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [140,] NA 1.0 1.0 NA #> [141,] NA NA NA 1.0 #> [142,] NA 1.0 NA 1.0 #> [143,] 1.0 NA 1.0 1.0 #> [144,] NA NA 0.0 NA #> [145,] NA 1.0 NA NA #> [146,] NA 0.0 NA 0.0 #> [147,] 0.0 1.0 NA NA #> [148,] 1.0 NA NA NA #> [149,] 1.0 NA NA NA #> [150,] 0.5 0.0 NA 0.0 #> [151,] 1.0 0.0 NA 0.0 #> [152,] 0.5 NA 1.0 NA #> [153,] 1.0 NA NA NA #> [154,] 1.0 NA 1.0 1.0 #> [155,] 1.0 NA NA NA #> [156,] NA 1.0 NA NA #> [157,] 0.0 NA NA NA #> [158,] NA NA 1.0 1.0 #> [159,] 1.0 1.0 NA 1.0 #> [160,] NA 1.0 0.5 0.0 #> [161,] 1.0 1.0 NA 1.0 #> [162,] 1.0 NA 1.0 NA #> [163,] 1.0 1.0 1.0 NA #> [164,] NA NA 1.0 NA #> [165,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [166,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [167,] NA 0.0 NA 0.0 #> [168,] NA NA 0.0 NA #> [169,] NA NA 0.0 NA #> [170,] NA NA 1.0 NA #> [171,] 0.0 0.0 0.0 NA #> [172,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [173,] 1.0 NA 1.0 1.0 #> [174,] 1.0 NA NA NA #> [175,] 1.0 NA 1.0 NA #> [176,] NA NA 0.0 NA #> [177,] NA 0.0 NA 0.0 #> [178,] 1.0 0.0 0.0 0.0 #> [179,] NA 1.0 NA NA #> [180,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [181,] 0.0 NA NA NA #> [182,] NA 0.0 NA NA #> [183,] 0.0 NA 0.0 0.0 #> [184,] NA 1.0 1.0 1.0 #> [185,] NA 1.0 1.0 NA #> [186,] NA 1.0 NA 1.0 #> [187,] 1.0 NA NA NA #> [188,] NA 1.0 NA 0.0 #> [189,] NA NA NA 1.0 #> [190,] 1.0 0.5 0.0 0.0 #> [191,] NA 1.0 NA 1.0 #> [192,] NA 1.0 NA 1.0 #> [193,] NA NA 1.0 NA #> [194,] NA NA NA 1.0 #> [195,] NA NA NA 1.0 #> [196,] 0.0 0.0 0.0 0.0 #> [197,] NA NA 0.0 NA #> [198,] 1.0 NA 0.0 0.0 #> [199,] NA NA NA 1.0 #> [200,] NA NA 0.0 0.0 #> [201,] 0.0 0.0 0.0 0.0 #> [202,] 0.0 0.0 0.0 0.0 #> [203,] 0.0 0.0 0.0 0.0 #> [204,] 0.0 0.0 0.0 0.0 #> [205,] NA NA 1.0 NA #> [206,] NA 1.0 NA NA #> [207,] NA 1.0 1.0 NA #> [208,] 1.0 NA NA 1.0 #> [209,] 1.0 NA 1.0 NA #> [210,] 1.0 1.0 1.0 NA #> [211,] NA 1.0 1.0 1.0 #> [212,] 0.0 1.0 1.0 0.0 #> [213,] NA 1.0 1.0 1.0 #> [214,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [215,] NA 1.0 NA NA #> [216,] 0.0 0.0 NA 0.0 #> [217,] 1.0 1.0 NA NA #> [218,] 1.0 NA NA 0.0 #> [219,] NA 1.0 NA NA #> [220,] NA NA 1.0 0.5 #> [221,] 1.0 NA NA 1.0 #> [222,] NA NA 1.0 NA #> [223,] NA 1.0 NA NA #> [224,] NA 1.0 0.0 1.0 #> [225,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [226,] 1.0 1.0 NA 1.0 #> [227,] 0.0 NA 0.0 NA #> [228,] 1.0 1.0 1.0 NA #> [229,] 0.0 NA NA NA #> [230,] 1.0 1.0 NA 0.0 #> [231,] 1.0 1.0 1.0 NA #> [232,] NA 1.0 NA 1.0 #> [233,] 1.0 0.0 1.0 1.0 #> [234,] 1.0 1.0 1.0 NA #> [235,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [236,] NA NA 1.0 1.0 #> [237,] 1.0 NA NA NA #> [238,] 1.0 1.0 NA 1.0 #> [239,] 1.0 1.0 0.0 0.0 #> [240,] 1.0 1.0 0.0 0.0 #> [241,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [242,] 0.0 1.0 NA 0.0 #> [243,] NA 1.0 1.0 0.0 #> [244,] 1.0 NA 1.0 1.0 #> [245,] 1.0 0.0 0.0 0.0 #> [246,] NA NA 1.0 1.0 #> [247,] 1.0 0.0 1.0 0.0 #> [248,] NA NA 1.0 1.0 #> [249,] NA NA NA 1.0 #> [250,] 0.0 NA 1.0 NA #> [251,] NA 1.0 1.0 NA #> [252,] 1.0 1.0 1.0 NA #> [253,] 1.0 1.0 NA NA #> [254,] 1.0 NA NA NA #> [255,] 1.0 NA 1.0 NA #> [256,] 0.0 1.0 1.0 NA #> [257,] 1.0 1.0 1.0 NA #> [258,] NA NA 0.0 NA #> [259,] 1.0 1.0 1.0 NA #> [260,] NA 1.0 1.0 NA #> [261,] 0.0 0.0 1.0 0.0 #> [262,] NA 1.0 1.0 1.0 #> [263,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [264,] 1.0 NA 1.0 1.0 #> [265,] 1.0 NA 1.0 1.0 #> [266,] 0.0 NA NA 1.0 #> [267,] 1.0 1.0 NA NA #> [268,] NA NA 1.0 NA #> [269,] NA NA NA 0.0 #> [270,] 0.0 NA NA 1.0 #> [271,] 0.0 1.0 NA 1.0 #> [272,] 1.0 1.0 NA 1.0 #> [273,] 1.0 1.0 0.0 NA #> [274,] 0.5 0.5 1.0 NA #> [275,] NA NA 0.0 0.0 #> [276,] NA 1.0 NA 0.0 #> [277,] 1.0 1.0 NA 1.0 #> [278,] 0.0 NA 0.0 0.0 #> [279,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [280,] NA NA NA 0.0 #> [281,] 0.0 0.0 0.0 0.0 #> [282,] 0.0 0.0 0.0 0.0 #> [283,] 0.0 0.0 0.0 0.0 #> [284,] 0.0 0.0 0.0 0.0 #> [285,] 0.0 0.0 0.0 0.0 #> [286,] 0.0 0.0 0.0 0.0# Get methylation data with loci get_matrix(scMethrix_data, add_loci=TRUE)#> chr start end C1 C2 C3 C4 #> 1: chr1 6914480 6914481 1 1 1 NA #> 2: chr1 9919400 9919401 NA 1 NA 1 #> 3: chr1 13786867 13786868 NA NA 1 NA #> 4: chr1 20487719 20487720 NA 1 1 1 #> 5: chr1 20951731 20951732 0 NA 0 0 #> --- #> 282: chr2 181520657 181520658 0 0 0 0 #> 283: chr2 181520666 181520667 0 0 0 0 #> 284: chr2 181520679 181520680 0 0 0 0 #> 285: chr2 181520682 181520683 0 0 0 0 #> 286: chr2 181520687 181520688 0 0 0 0# Get methylation data with loci inside a Granges object get_matrix(scMethrix_data, add_loci=TRUE, in_granges=TRUE)#> GRanges object with 286 ranges and 4 metadata columns: #> seqnames ranges strand | C1 C2 C3 #> <Rle> <IRanges> <Rle> | <numeric> <numeric> <numeric> #> [1] chr1 6914480-6914481 * | 1 1 1 #> [2] chr1 9919400-9919401 * | NA 1 NA #> [3] chr1 13786867-13786868 * | NA NA 1 #> [4] chr1 20487719-20487720 * | NA 1 1 #> [5] chr1 20951731-20951732 * | 0 NA 0 #> ... ... ... ... . ... ... ... #> [282] chr2 181520657-181520658 * | 0 0 0 #> [283] chr2 181520666-181520667 * | 0 0 0 #> [284] chr2 181520679-181520680 * | 0 0 0 #> [285] chr2 181520682-181520683 * | 0 0 0 #> [286] chr2 181520687-181520688 * | 0 0 0 #> C4 #> <numeric> #> [1] NA #> [2] 1 #> [3] NA #> [4] 1 #> [5] 0 #> ... ... #> [282] 0 #> [283] 0 #> [284] 0 #> [285] 0 #> [286] 0 #> ------- #> seqinfo: 2 sequences from an unspecified genome; no seqlengths# Get methylation data sorted by SD get_matrix(scMethrix_data, order_by_sd = TRUE)#> C1 C2 C3 C4 #> [1,] NA 0.0 1.0 NA #> [2,] NA NA 1.0 0.0 #> [3,] 0.0 NA NA 1.0 #> [4,] 0.0 NA NA 1.0 #> [5,] NA NA 1.0 0.0 #> [6,] NA 1.0 0.0 NA #> [7,] 0.0 1.0 NA NA #> [8,] NA 1.0 NA 0.0 #> [9,] 1.0 NA NA 0.0 #> [10,] 0.0 NA 1.0 NA #> [11,] 0.0 NA NA 1.0 #> [12,] 0.0 NA NA 1.0 #> [13,] NA 1.0 NA 0.0 #> [14,] 1.0 NA 1.0 0.0 #> [15,] 0.0 1.0 0.0 NA #> [16,] NA 1.0 1.0 0.0 #> [17,] NA 0.0 1.0 1.0 #> [18,] 1.0 1.0 NA 0.0 #> [19,] 1.0 NA 0.0 1.0 #> [20,] 1.0 1.0 NA 0.0 #> [21,] NA 1.0 0.0 1.0 #> [22,] 1.0 0.0 NA 0.0 #> [23,] 1.0 NA 0.0 0.0 #> [24,] NA 1.0 0.0 1.0 #> [25,] 1.0 1.0 NA 0.0 #> [26,] 0.0 1.0 NA 0.0 #> [27,] NA 1.0 1.0 0.0 #> [28,] 0.0 1.0 1.0 NA #> [29,] 0.0 1.0 NA 1.0 #> [30,] 1.0 1.0 0.0 NA #> [31,] 1.0 1.0 0.0 0.0 #> [32,] 0.0 1.0 1.0 0.0 #> [33,] 0.0 1.0 0.0 1.0 #> [34,] 0.0 1.0 1.0 0.0 #> [35,] 1.0 1.0 0.0 0.0 #> [36,] 1.0 1.0 0.0 0.0 #> [37,] 1.0 0.0 1.0 0.0 #> [38,] 1.0 0.0 1.0 1.0 #> [39,] 1.0 1.0 1.0 0.0 #> [40,] NA 1.0 0.0 0.5 #> [41,] 0.0 0.0 0.0 1.0 #> [42,] 1.0 0.0 1.0 1.0 #> [43,] 1.0 1.0 0.0 1.0 #> [44,] 1.0 0.0 1.0 1.0 #> [45,] 1.0 0.0 1.0 1.0 #> [46,] 1.0 0.0 1.0 1.0 #> [47,] 0.0 1.0 1.0 1.0 #> [48,] 0.0 1.0 1.0 1.0 #> [49,] 0.0 0.0 0.0 1.0 #> [50,] NA 1.0 0.5 0.0 #> [51,] 1.0 0.0 0.0 0.0 #> [52,] 1.0 0.0 1.0 1.0 #> [53,] 1.0 0.0 0.0 0.0 #> [54,] 0.0 0.0 1.0 0.0 #> [55,] 1.0 0.5 0.0 0.0 #> [56,] 0.5 NA 1.0 NA #> [57,] NA NA 1.0 0.5 #> [58,] 0.5 0.0 NA 0.0 #> [59,] 1.0 NA 1.0 0.5 #> [60,] 0.5 0.5 1.0 NA #> [61,] 0.0 0.0 0.5 0.0 #> [62,] 1.0 1.0 1.0 NA #> [63,] NA 1.0 NA 1.0 #> [64,] NA 1.0 1.0 1.0 #> [65,] 0.0 NA 0.0 0.0 #> [66,] NA 1.0 1.0 NA #> [67,] 1.0 1.0 NA NA #> [68,] 1.0 1.0 1.0 NA #> [69,] 1.0 1.0 1.0 NA #> [70,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [71,] 1.0 1.0 NA 1.0 #> [72,] NA NA 1.0 1.0 #> [73,] 1.0 NA 1.0 1.0 #> [74,] 1.0 NA 1.0 1.0 #> [75,] 1.0 NA 1.0 1.0 #> [76,] 1.0 1.0 1.0 NA #> [77,] 0.0 NA 0.0 0.0 #> [78,] 1.0 1.0 1.0 NA #> [79,] 1.0 1.0 1.0 NA #> [80,] 0.0 0.0 0.0 0.0 #> [81,] 1.0 NA 1.0 NA #> [82,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [83,] 0.0 NA 0.0 0.0 #> [84,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [85,] NA NA 1.0 1.0 #> [86,] 1.0 NA 1.0 NA #> [87,] 1.0 NA 1.0 1.0 #> [88,] 1.0 NA NA 1.0 #> [89,] NA 1.0 NA 1.0 #> [90,] 0.0 0.0 0.0 0.0 #> [91,] 1.0 NA 1.0 1.0 #> [92,] 0.0 NA 0.0 NA #> [93,] 1.0 NA 1.0 1.0 #> [94,] NA 1.0 1.0 NA #> [95,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [96,] NA NA 1.0 1.0 #> [97,] NA 1.0 NA 1.0 #> [98,] NA NA 1.0 1.0 #> [99,] 1.0 1.0 NA 1.0 #> [100,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [101,] 1.0 1.0 NA NA #> [102,] NA 0.0 0.0 0.0 #> [103,] 0.0 0.0 0.0 0.0 #> [104,] NA 0.0 0.0 0.0 #> [105,] 1.0 NA 1.0 1.0 #> [106,] 1.0 1.0 NA 1.0 #> [107,] 1.0 NA NA 1.0 #> [108,] NA 1.0 NA 1.0 #> [109,] 1.0 NA 1.0 NA #> [110,] 1.0 1.0 NA 1.0 #> [111,] 0.0 NA 0.0 NA #> [112,] NA 1.0 1.0 1.0 #> [113,] 1.0 NA 1.0 1.0 #> [114,] NA NA 1.0 1.0 #> [115,] 1.0 NA 1.0 1.0 #> [116,] NA 1.0 1.0 NA #> [117,] 1.0 NA 1.0 1.0 #> [118,] 1.0 NA NA 1.0 #> [119,] 0.0 0.0 0.0 0.0 #> [120,] 0.0 0.0 0.0 NA #> [121,] 1.0 NA 1.0 1.0 #> [122,] 0.0 NA 0.0 0.0 #> [123,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [124,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [125,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [126,] NA 1.0 1.0 1.0 #> [127,] 0.0 0.0 NA NA #> [128,] 0.0 0.0 0.0 NA #> [129,] NA 1.0 1.0 1.0 #> [130,] 1.0 NA NA 1.0 #> [131,] NA NA 1.0 1.0 #> [132,] 0.0 0.0 NA NA #> [133,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [134,] 1.0 1.0 NA 1.0 #> [135,] NA 1.0 1.0 1.0 #> [136,] 1.0 1.0 NA 1.0 #> [137,] NA NA 1.0 1.0 #> [138,] 0.0 0.0 NA NA #> [139,] 1.0 NA 1.0 1.0 #> [140,] 1.0 NA 1.0 NA #> [141,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [142,] NA 1.0 1.0 NA #> [143,] NA 1.0 NA 1.0 #> [144,] 1.0 NA 1.0 1.0 #> [145,] NA 0.0 NA 0.0 #> [146,] 1.0 NA 1.0 1.0 #> [147,] NA NA 1.0 1.0 #> [148,] 1.0 1.0 NA 1.0 #> [149,] 1.0 1.0 NA 1.0 #> [150,] 1.0 NA 1.0 NA #> [151,] 1.0 1.0 1.0 NA #> [152,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [153,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [154,] NA 0.0 NA 0.0 #> [155,] 0.0 0.0 0.0 NA #> [156,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [157,] 1.0 NA 1.0 1.0 #> [158,] 1.0 NA 1.0 NA #> [159,] NA 0.0 NA 0.0 #> [160,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [161,] 0.0 NA 0.0 0.0 #> [162,] NA 1.0 1.0 1.0 #> [163,] NA 1.0 1.0 NA #> [164,] NA 1.0 NA 1.0 #> [165,] NA 1.0 NA 1.0 #> [166,] NA 1.0 NA 1.0 #> [167,] 0.0 0.0 0.0 0.0 #> [168,] NA NA 0.0 0.0 #> [169,] 0.0 0.0 0.0 0.0 #> [170,] 0.0 0.0 0.0 0.0 #> [171,] 0.0 0.0 0.0 0.0 #> [172,] 0.0 0.0 0.0 0.0 #> [173,] NA 1.0 1.0 NA #> [174,] 1.0 NA NA 1.0 #> [175,] 1.0 NA 1.0 NA #> [176,] 1.0 1.0 1.0 NA #> [177,] NA 1.0 1.0 1.0 #> [178,] NA 1.0 1.0 1.0 #> [179,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [180,] 0.0 0.0 NA 0.0 #> [181,] 1.0 1.0 NA NA #> [182,] 1.0 NA NA 1.0 #> [183,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [184,] 1.0 1.0 NA 1.0 #> [185,] 0.0 NA 0.0 NA #> [186,] 1.0 1.0 1.0 NA #> [187,] 1.0 1.0 1.0 NA #> [188,] NA 1.0 NA 1.0 #> [189,] 1.0 1.0 1.0 NA #> [190,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [191,] NA NA 1.0 1.0 #> [192,] 1.0 1.0 NA 1.0 #> [193,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [194,] 1.0 NA 1.0 1.0 #> [195,] NA NA 1.0 1.0 #> [196,] NA NA 1.0 1.0 #> [197,] NA 1.0 1.0 NA #> [198,] 1.0 1.0 1.0 NA #> [199,] 1.0 1.0 NA NA #> [200,] 1.0 NA 1.0 NA #> [201,] 1.0 1.0 1.0 NA #> [202,] 1.0 1.0 1.0 NA #> [203,] NA 1.0 1.0 NA #> [204,] NA 1.0 1.0 1.0 #> [205,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [206,] 1.0 NA 1.0 1.0 #> [207,] 1.0 NA 1.0 1.0 #> [208,] 1.0 1.0 NA NA #> [209,] 1.0 1.0 NA 1.0 #> [210,] NA NA 0.0 0.0 #> [211,] 1.0 1.0 NA 1.0 #> [212,] 0.0 NA 0.0 0.0 #> [213,] 1.0 1.0 1.0 1.0 #> [214,] 0.0 0.0 0.0 0.0 #> [215,] 0.0 0.0 0.0 0.0 #> [216,] 0.0 0.0 0.0 0.0 #> [217,] 0.0 0.0 0.0 0.0 #> [218,] 0.0 0.0 0.0 0.0 #> [219,] 0.0 0.0 0.0 0.0 #> [220,] NA NA 1.0 NA #> [221,] 1.0 NA NA NA #> [222,] NA 1.0 NA NA #> [223,] NA 1.0 NA NA #> [224,] NA 1.0 NA NA #> [225,] 1.0 NA NA NA #> [226,] NA NA NA 1.0 #> [227,] NA NA 1.0 NA #> [228,] NA NA 0.0 NA #> [229,] 0.0 NA NA NA #> [230,] NA NA 1.0 NA #> [231,] 0.0 NA NA NA #> [232,] NA NA 1.0 NA #> [233,] NA NA 1.0 NA #> [234,] 1.0 NA NA NA #> [235,] 1.0 NA NA NA #> [236,] 1.0 NA NA NA #> [237,] NA NA 1.0 NA #> [238,] 0.0 NA NA NA #> [239,] NA NA 0.0 NA #> [240,] NA NA NA 1.0 #> [241,] NA NA 1.0 NA #> [242,] NA 1.0 NA NA #> [243,] NA NA NA 0.0 #> [244,] NA NA NA 1.0 #> [245,] NA NA NA 0.0 #> [246,] 1.0 NA NA NA #> [247,] NA NA 1.0 NA #> [248,] NA NA NA 1.0 #> [249,] NA NA 0.0 NA #> [250,] NA 1.0 NA NA #> [251,] 1.0 NA NA NA #> [252,] 1.0 NA NA NA #> [253,] 1.0 NA NA NA #> [254,] 1.0 NA NA NA #> [255,] NA 1.0 NA NA #> [256,] 0.0 NA NA NA #> [257,] NA NA 1.0 NA #> [258,] NA NA 0.0 NA #> [259,] NA NA 0.0 NA #> [260,] NA NA 1.0 NA #> [261,] 1.0 NA NA NA #> [262,] NA NA 0.0 NA #> [263,] NA 1.0 NA NA #> [264,] 0.0 NA NA NA #> [265,] NA 0.0 NA NA #> [266,] 1.0 NA NA NA #> [267,] NA NA NA 1.0 #> [268,] NA NA 1.0 NA #> [269,] NA NA NA 1.0 #> [270,] NA NA NA 1.0 #> [271,] NA NA 0.0 NA #> [272,] NA NA NA 1.0 #> [273,] NA NA 1.0 NA #> [274,] NA 1.0 NA NA #> [275,] NA 1.0 NA NA #> [276,] NA 1.0 NA NA #> [277,] NA NA 1.0 NA #> [278,] NA 1.0 NA NA #> [279,] 0.0 NA NA NA #> [280,] 1.0 NA NA NA #> [281,] NA NA NA 1.0 #> [282,] 1.0 NA NA NA #> [283,] NA NA 0.0 NA #> [284,] NA NA 1.0 NA #> [285,] NA NA NA 0.0 #> [286,] NA NA NA 0.0# Split the matrix into parts get_matrix(scMethrix_data, n_chunks = 4, by="row")#> [[1]] #> C1 C2 C3 C4 #> [1,] 1 1 1.0 NA #> [2,] NA 1 NA 1.0 #> [3,] NA NA 1.0 NA #> [4,] NA 1 1.0 1.0 #> [5,] 0 NA 0.0 0.0 #> [6,] 1 NA NA NA #> [7,] NA 1 1.0 NA #> [8,] 1 NA 1.0 0.0 #> [9,] NA 1 NA NA #> [10,] 1 1 NA NA #> [11,] NA 1 NA NA #> [12,] NA 1 NA NA #> [13,] 0 1 0.0 NA #> [14,] 1 NA NA NA #> [15,] NA 1 1.0 0.0 #> [16,] 1 0 1.0 1.0 #> [17,] 1 1 1.0 NA #> [18,] NA 0 1.0 1.0 #> [19,] 1 1 1.0 NA #> [20,] 1 1 1.0 1.0 #> [21,] 1 1 NA 1.0 #> [22,] NA NA 1.0 1.0 #> [23,] NA NA NA 1.0 #> [24,] 1 1 1.0 0.0 #> [25,] 1 NA 1.0 1.0 #> [26,] 1 NA 1.0 1.0 #> [27,] 1 NA 1.0 1.0 #> [28,] 1 1 1.0 NA #> [29,] 0 NA 0.0 0.0 #> [30,] 1 1 1.0 NA #> [31,] NA 0 1.0 NA #> [32,] NA NA 1.0 NA #> [33,] 1 1 1.0 NA #> [34,] 0 0 0.0 0.0 #> [35,] 1 NA 1.0 NA #> [36,] 1 1 NA 0.0 #> [37,] NA NA 0.0 NA #> [38,] 1 NA 0.0 1.0 #> [39,] 1 1 1.0 1.0 #> [40,] 0 NA 0.0 0.0 #> [41,] 1 1 1.0 1.0 #> [42,] NA NA 1.0 1.0 #> [43,] 1 1 0.0 0.0 #> [44,] 1 NA 1.0 NA #> [45,] 0 NA NA NA #> [46,] NA NA 1.0 NA #> [47,] 0 NA NA NA #> [48,] 1 NA 1.0 1.0 #> [49,] 0 0 0.5 0.0 #> [50,] 1 NA NA 1.0 #> [51,] NA 1 NA 1.0 #> [52,] NA 1 0.0 0.5 #> [53,] 0 0 0.0 1.0 #> [54,] 1 0 1.0 1.0 #> [55,] NA NA 1.0 NA #> [56,] 1 1 0.0 1.0 #> [57,] 1 0 1.0 1.0 #> [58,] NA NA 1.0 0.0 #> [59,] 0 0 0.0 0.0 #> [60,] 1 NA 1.0 1.0 #> [61,] NA NA 1.0 NA #> [62,] 1 NA NA NA #> [63,] 0 NA NA 1.0 #> [64,] 0 NA 0.0 NA #> [65,] 1 NA NA NA #> [66,] 1 NA 1.0 1.0 #> [67,] NA 1 1.0 NA #> [68,] 1 1 1.0 1.0 #> [69,] NA NA 1.0 1.0 #> [70,] NA 1 NA 1.0 #> [71,] NA NA 1.0 1.0 #> [72,] 1 NA NA NA #> #> [[2]] #> C1 C2 C3 C4 #> [1,] 0 NA NA 1.0 #> [2,] 1 1 NA 1.0 #> [3,] 1 1 1 1.0 #> [4,] NA NA 1 NA #> [5,] 0 NA NA NA #> [6,] NA NA 0 NA #> [7,] 1 1 NA NA #> [8,] NA 0 0 0.0 #> [9,] NA NA NA 1.0 #> [10,] NA NA 1 NA #> [11,] NA 1 NA NA #> [12,] 0 0 0 0.0 #> [13,] NA 0 0 0.0 #> [14,] 1 NA 1 1.0 #> [15,] 1 1 NA 1.0 #> [16,] 0 1 1 0.0 #> [17,] 1 NA NA 1.0 #> [18,] 1 0 1 1.0 #> [19,] NA 1 NA 1.0 #> [20,] 1 NA 1 NA #> [21,] 1 1 NA 1.0 #> [22,] 0 NA 0 NA #> [23,] NA NA NA 0.0 #> [24,] NA 1 1 1.0 #> [25,] 1 NA 1 1.0 #> [26,] NA NA 1 1.0 #> [27,] 1 NA 1 1.0 #> [28,] NA 1 1 NA #> [29,] 1 NA 1 0.5 #> [30,] 1 NA 1 1.0 #> [31,] 1 NA NA 1.0 #> [32,] 0 0 0 0.0 #> [33,] 0 0 0 NA #> [34,] 1 NA 1 1.0 #> [35,] NA NA 1 0.0 #> [36,] 0 NA 0 0.0 #> [37,] 1 0 1 1.0 #> [38,] NA NA NA 1.0 #> [39,] NA NA NA 0.0 #> [40,] 1 1 1 1.0 #> [41,] 1 1 1 1.0 #> [42,] 1 1 NA 0.0 #> [43,] 1 NA NA NA #> [44,] 1 1 1 1.0 #> [45,] NA 1 1 1.0 #> [46,] 0 1 1 1.0 #> [47,] 0 0 NA NA #> [48,] 0 0 0 NA #> [49,] NA NA 1 NA #> [50,] 0 1 1 1.0 #> [51,] NA 1 1 1.0 #> [52,] 1 NA NA 1.0 #> [53,] NA NA 1 1.0 #> [54,] 0 1 0 1.0 #> [55,] 0 0 NA NA #> [56,] 0 0 0 1.0 #> [57,] 1 1 1 1.0 #> [58,] 1 1 NA 1.0 #> [59,] NA 1 0 1.0 #> [60,] NA 1 1 1.0 #> [61,] 1 1 NA 1.0 #> [62,] NA NA 1 1.0 #> [63,] 0 0 NA NA #> [64,] 1 NA 1 1.0 #> [65,] 1 NA 1 NA #> [66,] NA 1 0 NA #> [67,] 1 1 1 1.0 #> [68,] NA 1 1 NA #> [69,] NA NA NA 1.0 #> [70,] NA 1 NA 1.0 #> [71,] 1 NA 1 1.0 #> [72,] NA NA 0 NA #> #> [[3]] #> C1 C2 C3 C4 #> [1,] NA 1.0 NA NA #> [2,] NA 0.0 NA 0 #> [3,] 0.0 1.0 NA NA #> [4,] 1.0 NA NA NA #> [5,] 1.0 NA NA NA #> [6,] 0.5 0.0 NA 0 #> [7,] 1.0 0.0 NA 0 #> [8,] 0.5 NA 1.0 NA #> [9,] 1.0 NA NA NA #> [10,] 1.0 NA 1.0 1 #> [11,] 1.0 NA NA NA #> [12,] NA 1.0 NA NA #> [13,] 0.0 NA NA NA #> [14,] NA NA 1.0 1 #> [15,] 1.0 1.0 NA 1 #> [16,] NA 1.0 0.5 0 #> [17,] 1.0 1.0 NA 1 #> [18,] 1.0 NA 1.0 NA #> [19,] 1.0 1.0 1.0 NA #> [20,] NA NA 1.0 NA #> [21,] 1.0 1.0 1.0 1 #> [22,] 1.0 1.0 1.0 1 #> [23,] NA 0.0 NA 0 #> [24,] NA NA 0.0 NA #> [25,] NA NA 0.0 NA #> [26,] NA NA 1.0 NA #> [27,] 0.0 0.0 0.0 NA #> [28,] 1.0 1.0 1.0 1 #> [29,] 1.0 NA 1.0 1 #> [30,] 1.0 NA NA NA #> [31,] 1.0 NA 1.0 NA #> [32,] NA NA 0.0 NA #> [33,] NA 0.0 NA 0 #> [34,] 1.0 0.0 0.0 0 #> [35,] NA 1.0 NA NA #> [36,] 1.0 1.0 1.0 1 #> [37,] 0.0 NA NA NA #> [38,] NA 0.0 NA NA #> [39,] 0.0 NA 0.0 0 #> [40,] NA 1.0 1.0 1 #> [41,] NA 1.0 1.0 NA #> [42,] NA 1.0 NA 1 #> [43,] 1.0 NA NA NA #> [44,] NA 1.0 NA 0 #> [45,] NA NA NA 1 #> [46,] 1.0 0.5 0.0 0 #> [47,] NA 1.0 NA 1 #> [48,] NA 1.0 NA 1 #> [49,] NA NA 1.0 NA #> [50,] NA NA NA 1 #> [51,] NA NA NA 1 #> [52,] 0.0 0.0 0.0 0 #> [53,] NA NA 0.0 NA #> [54,] 1.0 NA 0.0 0 #> [55,] NA NA NA 1 #> [56,] NA NA 0.0 0 #> [57,] 0.0 0.0 0.0 0 #> [58,] 0.0 0.0 0.0 0 #> [59,] 0.0 0.0 0.0 0 #> [60,] 0.0 0.0 0.0 0 #> [61,] NA NA 1.0 NA #> [62,] NA 1.0 NA NA #> [63,] NA 1.0 1.0 NA #> [64,] 1.0 NA NA 1 #> [65,] 1.0 NA 1.0 NA #> [66,] 1.0 1.0 1.0 NA #> [67,] NA 1.0 1.0 1 #> [68,] 0.0 1.0 1.0 0 #> [69,] NA 1.0 1.0 1 #> [70,] 1.0 1.0 1.0 1 #> [71,] NA 1.0 NA NA #> #> [[4]] #> C1 C2 C3 C4 #> [1,] 0.0 0.0 NA 0.0 #> [2,] 1.0 1.0 NA NA #> [3,] 1.0 NA NA 0.0 #> [4,] NA 1.0 NA NA #> [5,] NA NA 1 0.5 #> [6,] 1.0 NA NA 1.0 #> [7,] NA NA 1 NA #> [8,] NA 1.0 NA NA #> [9,] NA 1.0 0 1.0 #> [10,] 1.0 1.0 1 1.0 #> [11,] 1.0 1.0 NA 1.0 #> [12,] 0.0 NA 0 NA #> [13,] 1.0 1.0 1 NA #> [14,] 0.0 NA NA NA #> [15,] 1.0 1.0 NA 0.0 #> [16,] 1.0 1.0 1 NA #> [17,] NA 1.0 NA 1.0 #> [18,] 1.0 0.0 1 1.0 #> [19,] 1.0 1.0 1 NA #> [20,] 1.0 1.0 1 1.0 #> [21,] NA NA 1 1.0 #> [22,] 1.0 NA NA NA #> [23,] 1.0 1.0 NA 1.0 #> [24,] 1.0 1.0 0 0.0 #> [25,] 1.0 1.0 0 0.0 #> [26,] 1.0 1.0 1 1.0 #> [27,] 0.0 1.0 NA 0.0 #> [28,] NA 1.0 1 0.0 #> [29,] 1.0 NA 1 1.0 #> [30,] 1.0 0.0 0 0.0 #> [31,] NA NA 1 1.0 #> [32,] 1.0 0.0 1 0.0 #> [33,] NA NA 1 1.0 #> [34,] NA NA NA 1.0 #> [35,] 0.0 NA 1 NA #> [36,] NA 1.0 1 NA #> [37,] 1.0 1.0 1 NA #> [38,] 1.0 1.0 NA NA #> [39,] 1.0 NA NA NA #> [40,] 1.0 NA 1 NA #> [41,] 0.0 1.0 1 NA #> [42,] 1.0 1.0 1 NA #> [43,] NA NA 0 NA #> [44,] 1.0 1.0 1 NA #> [45,] NA 1.0 1 NA #> [46,] 0.0 0.0 1 0.0 #> [47,] NA 1.0 1 1.0 #> [48,] 1.0 1.0 1 1.0 #> [49,] 1.0 NA 1 1.0 #> [50,] 1.0 NA 1 1.0 #> [51,] 0.0 NA NA 1.0 #> [52,] 1.0 1.0 NA NA #> [53,] NA NA 1 NA #> [54,] NA NA NA 0.0 #> [55,] 0.0 NA NA 1.0 #> [56,] 0.0 1.0 NA 1.0 #> [57,] 1.0 1.0 NA 1.0 #> [58,] 1.0 1.0 0 NA #> [59,] 0.5 0.5 1 NA #> [60,] NA NA 0 0.0 #> [61,] NA 1.0 NA 0.0 #> [62,] 1.0 1.0 NA 1.0 #> [63,] 0.0 NA 0 0.0 #> [64,] 1.0 1.0 1 1.0 #> [65,] NA NA NA 0.0 #> [66,] 0.0 0.0 0 0.0 #> [67,] 0.0 0.0 0 0.0 #> [68,] 0.0 0.0 0 0.0 #> [69,] 0.0 0.0 0 0.0 #> [70,] 0.0 0.0 0 0.0 #> [71,] 0.0 0.0 0 0.0 #>